卷一至卷六，包括治狀、兵事、奏議、揭帖等內容。
卷七至卷十一，“儒學”、“天學”。 “儒學”二種，包括《學庸書解》、《士約》，合為一卷；“天學”四種，包括《畏天愛人極論》、《仁會約》、《杜奧定先生東來渡海苦跡》、《崇一堂日記隨筆》，各為一卷，共四卷。
卷十二，“音學”一卷，包括〈西儒耳目資敘〉、〈西儒耳目資釋疑〉、〈三韻兌考問答〉、〈元母生生總圖〉等。
卷十三至卷十八，“制器學”，包括《遠西奇器圖說錄最》三卷、《新制諸器圖說》一卷、《守禦器具圖說》一卷、《額辣濟亞牖造諸器圖說》（殘篇）一卷等。
卷十九至卷二十二，包括書牘、詩、曲、序、跋、議、記、贊、銘、雜文等內容。其中卷二十一序、跋，收入十八篇。
附錄一，是有關王徵家族世系的史料，凡兩種，均為王徵後裔所撰。
附錄二，是本編校者編撰的王徵年譜。
附錄三，是有關王徵的傳記資料，以及贊賀、祭文，共精選十四篇。
附錄四，是有關王徵著譯的序、跋、提要，共精選三十篇。
附錄五，是有關王徵著譯的考辨，僅選入李之勤先生撰寫的長文《明末陝西涇陽王徵著譯考》。